La CEPGL est une sous-région à vocation agricole jouissant d’un climat favorable à l’agriculture et habitée par un peuple traditionnellement agro-pastorale. Dans l’ensemble, les secteurs de l’agriculture, de l’élevage, de la pêche et des ressources naturelles s’adressent à plus de 80 % de la population active des trois pays membres de la Communauté.

Ainsi, le développement de ces secteurs occupe-t-il une place de choix dans les plans nationaux de développement de ces trois pays. La contribution de ces secteurs à la formation du produit intérieur brut illustre à suffisance leur importance dans les économies des trois pays de la CEPGL. La part de l’agriculture dans le PIB s’est située à ……………….% au Burundi, à………….% en RDC et à ……………% entre 2015 et 2016.

Le secteur fait face à  plusieurs défis, à savoir : les problèmes fonciers (absence de la sécurité des régimes fonciers et des lois foncières permettant un accès équitable à la terre et aux ressources foncières pour tous les utilisateurs de la terre, notamment les jeunes, les femmes et autres groupes vulnérables ;  la petite taille moyenne des exploitations agricoles au Burundi et au Rwanda.

En vue d’améliorer la productivité de l’agriculture et la qualité de l’élevage, la CEPGL a mis en place  en 1979 un programme commun comprenant entre autres un mécanisme régional de recherche agronomique et zootechnique dit «  Institut de Recherche Agronomique et Zootechnique » IRAZ en sigle.

La CEPGL dispose également un « Programme Agriculture et Sécuritaire alimentaire » PASA dont le but est de combattre la pauvreté, de contribuer à l’éradication de la famine et de gérer de manière durable les ressources naturelles à travers une utilisation régionale collective des produits et technologies de recherche agronomique.

Elle est impliquée dans les initiatives régionales et continentales notamment la mise en œuvre du  Protocole de Maputo, le programme régional sur la Sécurité alimentaire de la CIRGL, le Mécanisme Sous régional de Coordination des Nations Unies.