La structure organisationnelle de la BDEGL se présente comme suit : 

• L’Assemblée Générale des Actionnaires
• L’Auditeur externe
• La BDEGL est administrée par un Conseil d’Administration  composé de 7 membres issus des 3 groupes d'Actionnaires A, B & C. Le Président  et le Vice-président sont nommés par les Actionnaires Etats   de type A.
• Depuis  sa réactivation en 2010, le Conseil d’administration est stable. Les réunions sont organisées à l'intervalle de 3 à 4 fois par an. Les statuts rénovés ont prévus des administrateurs indépendants et des sous-comités  du Conseil.
• La gestion journalière est assurée par un Directeur Général assisté par un Directeur Général Adjoint  et trois directeurs (Opérations, Administration  & Finances).
• Les effectifs sont de 10 personnes y compris 2 hors cadres, 3 directeurs, 5 experts permanents plus 3 agents d'appui recrutés sur contrat local ainsi que des consultants et autres prestataires. D’importants besoins de formation ainsi qu'en appui structurel et fonctionnel sont ressentis à divers niveaux de l'institution.
• Les directions opérationnelles seront donc chargées de promouvoir les objectifs de développement de la Banque et de participer aux activités prioritaires ci-après:

o   Réaliser l'identification des projets, des promoteurs et des possibilités de syndication avec les banques régionales, les banque locales et les autres partenaires;

o   Réhabiliter les installations immobilières et l'image de la Banque;

o   Développer tout en le diversifiant, le réseau des partenaires et

o   Communiquer avec les Actionnaires et les milieux d'affaires régionaux et internationaux.

·         Ces directions se structurent ainsi en vue de réaliser les actions suivantes:

Direction des Opérations

• • Mettre à jour la politique générale d'intervention, les critères de sélection et d'évaluation des projets  et les approches d'analyse à chaque étape du cycle du projet;
  • En collaboration avec les   ministères sectoriels, les  gouvernements locaux, le secteur privé et les banques locales et régionales, identifier et évaluer la faisabilité des projets et /ou  des programmes compatibles avec les moyens disponibles   en vue d'un rayonnement dans l'environnement géographiquement le plus proche;
  • Elaborer des fiches de projets  en pipe-line et
  • mettre en place une plate-forme de communication en vue d'augmenter la visibilité de la Banque et avoir un dialogue permanent avec  les partenaires et les bénéficiaires.

• Direction des Ressources Humaines &  Technologiques

o   Superviser la mise en place et le déploiement de l'équipe de base de la structure de base en vue de la compléter, l'équiper et pourvoir à sa formation;

o   Préparer et réaliser le plan directeur d'informatique;

o   Rénover les installations immobilières et matérielles en vue d'en maximiser le rendement et

Conclure des conventions de collaboration avec les prestataires des biens & services.

• Direction des Finances & Gestion des Risques

o   Négocier l'augmentation du capital social avec élargissement et diversification de l'actionnariat;

o   Développer le réseau des partenaires de la Banque;

o   Optimiser le résultat d'exploitation;

o   Conclure des conventions de financement en vue de la mobilisation des ressources d'emprunt, fonds  gérés et/ou subsides et

                  o   Mettre en place les politiques et les mécanismes de gestion et de mitigation des risques.